home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Aminet 6 / Aminet 6 - June 1995.iso / Aminet / misc / sci / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00732 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.0 KB  |  40 lines
  1. **************************************************
  2. * ER lumen protein retaining receptor signatures *
  3. **************************************************
  4.  
  5. Proteins that reside in the lumen of the endoplasmic  reticulum (ER) contain a
  6. C-terminal tetrapeptide (generally K-D-E-L or H-D-E-L) that serves as a signal
  7. for their retrieval (retrograde transport) from subsequent compartments of the
  8. secretory pathway.  The  signal  is  recognized by a receptor molecule that is
  9. believed to cycle between the cis side  of the Golgi apparatus and the ER [1].
  10. This protein  is known  as the  ER lumen protein retaining receptor or also as
  11. the 'KDEL  receptor'.  It  has  been  characterized  in  a variety of species,
  12. including  fungi (gene  ERD2), plants, Plasmodium,  Drosophila and mammals. In
  13. mammals two highly related forms of the receptor are known.
  14.  
  15. Structurally, the   receptor is a protein of about 220 residues that seems  to
  16. contain seven transmembrane regions [2].  The  N-terminal part (3 residues) is
  17. oriented toward the  lumen  while  the C-terminal  tail (about 12 residues) is
  18. cytoplasmic. There are three lumenal and three cytoplasmic loops.
  19.  
  20. We developed  two  signature  patterns  for these receptors. The first pattern
  21. corresponds to  the  C-terminal  half of the first cytoplasmic loop as well as
  22. most of  the  second  transmembrane  domain. The second pattern is a perfectly
  23. conserved decapeptide  that  corresponds  to  the  central  part  of the fifth
  24. transmembrane domain.
  25.  
  26. -Consensus pattern: G-I-S-x-[KR]-x-Q-x-L-[FY]-x-[LIV](2)-F-x(2)-R-Y
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Consensus pattern: L-E-[SA]-V-A-I-L-P-Q-L
  31. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / First entry.
  35.  
  36. [ 1] Pelham H.R.B.
  37.      Curr. Opin. Cell. Biol. 3:585-591(1991).
  38. [ 2] Townsley F.M., Wilson D.W., Pelham H.R.B.
  39.      EMBO J. 12:2821-2829(1993).
  40.